Η Οθωμανική Αυτοκρατορία είχε υποτάξει την περιοχή της Αλβανίας, χωρίς όμως αυστηρό ζυγό, καθώς η Πύλη περιοριζόταν κυρίως στην είσπραξη των φόρων. Πολλές ορεινές φυλές ζούσαν σε αυτόνομες κοινότητες, ενώ οι παράκτιες πόλεις ανήκαν στη Βενετία.
Ταυτόχρονα, υπήρχαν 19 επισκοπικές έδρες που μαρτυρούσαν τις βαθιές ρίζες του Βυζαντίου και της Ρώμης. Οι συνεχείς επιδρομές των μουσουλμάνων τρομοκρατούσαν τον πληθυσμό και μάταια, δύο ηγεμόνες, ο Ιωάννης Καστριώτης στον Βορρά και ο Γεώργιος Αριανίτης στον Νότο, προσπάθησαν να εξεγερθούν. Ο Καστριώτης υποχρεώθηκε σε ειρήνη.

Για να κρατήσει τα εδάφη του, πλήρωνε υψηλό ετήσιο φόρο και παρέδωσε τα τέσσερα αγόρια του ως
ομήρους και εγγύηση ότι δεν θα εξεγερθεί! Δεν τα ξαναείδε ποτέ και απλώς τον διαβεβαίωσαν ότι ένα από αυτά θα το άφηναν ελεύθερο μετά τον θάνατό του. Τα δύο παιδιά πέθαναν στην αυλή της Ανδριανούπολης, το τρίτο έγινε καλόγερος στο Σινά και το τέταρτο, ο Γεώργιος, εξισλαμίστηκε. Ονομάστηκε Ισκεντέρ (Αλέξανδρος) και του απένειμαν τον τίτλο του Μπέη. Πολέμησε εναντίον Μογγόλων, Ελλήνων και Μαγιάρων και διακρίθηκε για τη ρώμη του, επιβεβαιώνοντας τον θρύλο που τον συνόδευε από τη γέννησή του το 1403.

Λεγόταν ότι η μητέρα του όταν ήταν έγκυος, ονειρεύτηκε έναν δράκοντα που εξουσίαζε όλη την Αλβανία και κατατρόπωσε χιλιάδες Τούρκους. Το σπαθί του έκανε θαύματα. Είχε τη φήμη ότι με ένα χτύπημα έκοβε στα δύο πολεμιστές με σιδερένιο θώρακα ή αποκεφάλιζε έναν άγριο ταύρο. Με τα κατορθώματά του κέρδισε την εμπιστοσύνη του σουλτάνου.

Ο Σκεντέρμπεης γίνεται ηγέτης των Αλβανών

Οι Γέγκηδες (αλβανική φυλή του Βορρά) είχαν ζητήσει τη βοήθειά του, αλλά αρνήθηκε να τους δώσει οποιαδήποτε υπόσχεση. Η στάση του άλλαξε όταν πέθανε ο πατέρας του. Τότε οι Τούρκοι αθέτησαν την υπόσχεσή τους να τον απελευθερώσουν και έδωσαν την πατρική του περιουσία σε κάποιον αρνησίθρησκο. Την μητέρα και την αδελφή του τις εξόρισαν.

Το 1443 ο βοεβόδας της Τρανσυλβανίας επιτέθηκε στις τουρκικές φρουρές στη Σερβία. Ο Μουράτ Β΄ έστειλε 20.000 στρατό που παρατάχθηκε στον ποταμό Μοράβα, με υπαρχηγό τον Σκεντέρμπεη. Ο Καστριώτης όμως δεν απάντησε στην επίθεση των Μαγιάρων. Διέταξε υποχώρηση και μέσα στη γενική σύγχυση μπήκε στη σκηνή του γραμματέα του πασά και τον υποχρέωσε να συντάξει φιρμάνι παράδοσης του φρουρίου της Κρόια.

Στη συνέχεια σκότωσε τον γραμματικό για να μη μιλήσει, ενώθηκε με τους 300 ιππείς Σκιπιτάρηδες και προχώρησε προς στην Αλβανία. Στις 28 Νοεμβρίου κατέλαβε το φρούριο και κήρυξε την επανάσταση των Αλβανών. Λίγους μήνες αργότερα, οι επίσκοποι ορκίστηκαν στο όραμα της εθνικής ανεξαρτησίας με αρχηγό τον Καστριώτη.

Ο Σκεντέρμπεης επέβαλλε την υποχρεωτική επιστράτευση, μελέτησε την τοπογραφία της Αλβανίας για να προετοιμάσει την άμυνα και έβαλε κατασκόπους στην Ανδριανούπολη. Το στρατηγικό του δαιμόνιο αναδείχθηκε στη μάχη του Τορβιόλο, όπου έκρυψε τον στρατό του στο δάσος προσποιούμενος ότι θα παραδοθεί και παρέσυρε τους Τούρκους σε ενέδρα, σφαγιάζοντας 8.000 άνδρες. Ο ενθουσιασμός των Αλβανών ήταν μεγάλος, ο Πάπας τον συνεχάρη και ο Μουράτ Β΄ έστειλε ακόμη μεγαλύτερο στρατό για να τον τιμωρήσει. Αυτή τη φορά όμως απέφυγε μια ευθεία αναμέτρηση. Ο Σκεντέρμπεης απάντησε στη νέα τακτική με επιδρομές του ιππικού, που έφθειραν τον τουρκικό στρατό, ο οποίος κάποια στιγμή χαλάρωσε.

Τη νύχτα της 27ης Σεπτεμβρίου 1446, οι Αλβανοί επιτέθηκαν στο τουρκικό στρατόπεδο την ώρα που κοιμόντουσαν και έσφαξαν 5.000 άνδρες. Η Βενετία που εξουσίαζε τις παράκτιες περιοχές της Αλβανίας ανησύχησε και πρότεινε εκεχειρία στον Σκεντέρμπεη, ο οποίος όμως αρνήθηκε τους όρους. Πολέμησε και νίκησε τους Βενετούς στο Σκουτάρι το 1448. Ωστόσο απελευθέρωσε τους αιχμαλώτους και μετά υπέγραψε ειρήνη με τη Γαληνοτάτη. Ο λόγος ήταν απλός. Δεν ήθελε δύο μέτωπα ανοιχτά. Είχε φτάσει η στιγμή της μεγάλης αναμέτρησης με τον Μουράτ Β΄, ο οποίος το 1449 ξεκίνησε ο ίδιος επικεφαλής 120.000 ανδρών, για να κατατροπώσει τον Αλβανό επαναστάτη.

Ο κλεφτοπόλεμος του Σκεντέρμπεη ήταν τόσο αποτελεσματικός, ώστε δύο χρόνια αργότερα ο Μουράτ αποσύρθηκε εξαντλημένος στην Ανδριανούπολη, όπου και πέθανε. Ο Καστριώτης ζούσε την απόλυτη δόξα. Υπέγραψε τη συνθήκη της Γκαέτα με τον Αλφόνσο τον Μεγαλόψυχο της Νεαπόλεως, ενώ ο Πάπας Νικόλαος Ε΄ δημοσίευσε διάταγμα αφέσεως για τους Χριστιανούς που πολεμούσαν υπό τα εμβλήματα των Αλβανών. Επίσης, αντιμετώπισε άλλη μια εκστρατεία των Τούρκων, αυτή τη φορά υπό τον Μωάμεθ Β΄.

Ο θρύλος για το μαγικό σπαθί και το λάβαρο που νίκησε τους Τούρκους
Τα άσχημα νέα ήρθαν στις 29 Μαίου 1453 με την άλωση της Κωνσταντινούπολης. Στις 26 Ιουλίου 1455 ο Σκεντέρμπεης γνώρισε την πρώτη του ήττα από τον Εβρέν μπέη. Ο πάπας Καλλίστρος Γ΄ έκανε έκκληση στους Ιταλούς ηγεμόνες να τον στηρίξουν και ο Σκεντέρμπεης νίκησε τους μουσουλμάνους. Άρχισαν όμως οι προδοσίες. Ο ανιψιός του Γεώργιος Στρέσιος παρέδωσε το φρούριο της Μοντρίτσα και ένας άλλος ανιψιός του, ο Χαμζά Καστριώτης, πέρασε στην υπηρεσία του Σουλτάνου. Ο Καστριώτης υπέγραψε ειρήνη με τον σουλτάνο και αφοσιώθηκε στην στήριξη του Φερράντε για τον θρόνο της Νεαπόλεως. Νόμιζε ότι κέρδισε χρόνο αλλά ο σουλτάνος έσπασε τη συνθήκη.

Είναι χαρακτηριστικό, ότι ο Μωάμεθ Β΄ είχε αρχίσει να πιστεύει ότι ο Σκεντέρμπεης είχε μαγικές ικανότητες και είχε ζητήσει στις διαπραγματεύσεις ως δώρο το σπαθί του. Ο Καστριώτης το έδωσε αλλά ο πρεσβευτής το επέστρεψε μετά από λίγο καιρό, λέγοντάς του ότι του έδωσε ένα κοινό σπαθί και όχι το πραγματικό, μαγικό του σπαθί που σκότωνε τους εχθρούς όπως κανένα άλλο. Ο Σκεντέρμπεης απάντησε με χιούμορ: «Έστειλα στον σουλτάνο το καλύτερο σπαθί μου. Δεν μπορούσα όμως να στείλω και το χέρι μου»! Οι Τούρκοι επέμειναν. Ο Σκεντέρμπεης κλείστηκε στην Κρόϊα και άντεξε στις επιδρομές του στρατού του Μωάμεθ. Επιχείρησε να ενώσει τους Αλβανούς ηγεμόνες και να οδηγήσει τους ιππείς για ακόμη μια φορά, αλλά η ελονοσία τον κράτησε στον κρεβάτι. Τότε, οι σωματοφύλακές του ύψωσαν στην παράταξη το δοξασμένο του λάβαρό του. Οι Τούρκοι και μόνο στη θέα του έχασαν τη μάχη και τράπηκαν σε φυγή. Αυτή ήταν και η τελευταία νίκη του Σκεντέρμπεη που παρέμεινε το κορυφαίο σύμβολο στην ιστορία της Αλβανίας.