Τα παιδιά με σχολική άρνηση μπορεί να διαμαρτυρηθούν για σωματικά συμπτώματα λίγη ώρα πριν φύγουν για το σχολείο. Αν επιτραπεί στο παιδί να απουσιάσει από το σχολείο, τα συμπτώματα εξαλείφονται αμέσως αλλά συνεχίζουν να επιμένουν και τις επόμενες μέρες. Σε ορισμένες περιπτώσεις το παιδί μπορεί να αρνηθεί έντονα να εγκαταλείψει το σπίτι του. Ανάμεσα στα πιο συνηθισμένα συμπτώματα της σχολικής άρνησης περιλαμβάνονται οι πονοκέφαλοι, η ναυτία, το άγχος του αποχωρισμού, η ανησυχία, η αποφυγή και η περιφρόνηση.

με το σχολικό περιβάλλον όπως τα σχολικά διαγωνίσματα, η καθημερινή σχολική επίδοση, οι εξετάσεις, ο σχολικός εκφοβισμός, η απόρριψη από τους συμμαθητές κ.ά . Άλλοι λόγοι περιλαμβάνουν το φόβο του παιδιού ότι θα συμβεί κάτι στους γονείς του όσο εκείνο βρίσκεται στο σχολικό χώρο. Συχνά ένα σύμπτωμα από ένα βαθύτερο πρόβλημα, όπως η σχολική ανησυχία, επηρεάζει ένα μεγάλο ποσοστό παιδιών σχολικής ηλικίας. Η σχολική άρνηση είναι αρκετά πιο συχνή σε μεταβατικές σχολικές περιόδους όπως στη μετάβαση από το δημοτικό στο γυμνάσιο. Τα παιδιά που υποφέρουν από σχολική άρνηση τείνουν να εμφανίσουν εκπαιδευτικά ή κοινωνικά προβλήματα αν οι φόβοι και η ανησυχία τα κρατήσουν μακριά από το σχολικό περιβάλλον για μεγάλο χρονικό διάστημα.