τις πρώτες δεκαετίες, από πολύ νωρίς είχαν να τους απασχολεί ο κίνδυνος και η απειλή των Τούρκων.

Οι Ιωαννίτες ιππότες ήταν ισχυροί στην Ανατολική Μεσόγειο τόσο πολιτικά όσο και στρατιωτικά κι έτσι είχαν την ευχέρεια να συμμαχήσουν με άλλες δυνάμεις για τον ίδιο σκοπό. Την εξασθένιση των μουσουλμανικών δυνάμεων στη Μεσόγειο για εμπορικούς και οικονομικούς λόγους. Έτσι στα 1334 συνάπτουν συμμαχίες με τη Γαλλία, τη Βενετία, την Κύπρο και την Αγία Έδρα. Από το 1334 και για τα επόμενα χρόνια, οι συμμαχικές δυνάμεις αλλά και οι Ιππότες αρχίζουν τις ναυμαχίες με τον τουρκικό στόλο σε διάφορες περιοχές όπως την Ίμβρο, τη Σμύρνη, την Αρμενία και στην πλειοψηφία των μαχών καταφέρνουν να απωθούν τον εχθρό.
Οι Τούρκοι λυσσαλέα συνεχίζουν τις πολεμικές επιχειρήσεις στα ελληνικά εδάφη, άλλοτε με καταλήψεις περιοχών άλλοτε όχι αλλά πάντοτε σπέρνοντας την ανησυχία στους Ιππότες. Όσο γίνονταν μάταιες προσπάθειες συνένωσης όλων των Χριστιανικών δυνάμεων, εναντίων των Τούρκων, η Ρόδος δεχόταν αλλεπάλληλες τουρκικές επιθέσεις συνάμα με τον αργό θάνατο της βυζαντινής αυτοκρατορίας. Η Πόλη όμως πέφτει στα χέρια των Τούρκων και τότε ο εκάστοτε Μεγάλος Μάγιστρος και οι Ιππότες γνωρίζουν ότι επόμενος στόχος των Τούρκων είναι η Ρόδος.
Το νησί της Ρόδου είναι απόρθητο φρούριο με δεκάδες ναυμαχίες των Τούρκων να απωθούνται. Οι Ιππότες το οχυρώνουν ακόμα καλύτερα, ορίζουν καταφύγια σε κατάσταση ανάγκης και τις θέσεις απ’ όπου οι «γλώσσες» θα υπερασπιστούν την πόλη και με αγωνία περιμένουν τον εχθρό.

Στα 1457 ο Μεχμέτ Β΄ ο Πορθητής, έπειτα από άρνηση των Ιπποτών να δώσουν φόρο πολυτελείας 2000 δουκάτα για να συνάψει μαζί τους ειρήνη, πολιορκεί τα κάστρα της Κω και αιφνίδια μπαίνουν στο χωριό του Αρχαγγέλου στη Ρόδο, το λεηλατούν και αιχμαλωτίζουν σχεδόν όλους τους κατοίκους του. Έτσι οι Ιππότες αποφασίζουν και μεταφέρουν όλους τους κατοίκους των μικρών νησιών στη Ρόδο για να είναι ασφαλείς. Το νησί όμως έχει αρχίσει να έχει οικονομικές δυσκολίες, η ύπαιθρος εξαθλιωνόταν γεωργικά και κτηνοτροφικά από τις συνεχείς επιθέσεις με αποκορύφωμα αυτήν στις 23 Μαΐου 1480. Περίπου 170 πλοία τουρκικού στόλου και 100.000 στρατός αποβιβάστηκα στον κόλπο των Τριαντών με αρχηγό τον ναύαρχο Μεσίχ πασά Παλαιολόγο. Οι χωρικοί της υπαίθρου με διαταγή του Μεγάλου Μαγίστρου κλείστηκαν στα κάστρα της Λίνδου, του Φαρακλού, της Καστέλλου, του Μονολίθου και της Κατταβιάς.

Οι Τούρκοι επιτίθονταν από τη θάλασσα για να αποκλείσουν την πόλη, οι Ιππότες με τη βοήθεια των κατοίκων αγωνίστηκαν με θάρρος και τόλμη έχοντας κέντρο της άμυνας τους το φρούριο του Αγίου Νικολάου αποκρούοντας τις επιθέσεις. Μια ακόμα μεγάλη επίθεση από τους Τούρκους στις 27 Ιουλίου στην εβραϊκή συνοικία και καταφέρνουν να πάρουν τον προμαχώνα της Ιταλίας! Οι Ιππότες αντιδρούν, μάχονται με λύσσα και τρέπουν σε υποχώρηση και φυγή τους Τούρκους. Μεγάλος πληθυσμός του τουρκικού στρατού σφαγιάστηκε εκείνη την ημέρα.
Έτσι έληξε η μεγάλη πολιορκία της Ρόδου το 1480 με μισοερειπωμένη την οχύρωση του νησιού, την οποία γκρέμισε τελείως ένας μεγάλος σεισμός την επόμενη χρονιά. Τότε άλλαξε και ο θρόνος στην Τουρκία, με όποιον και να διαδεχόταν τη θέση του Μεχμέτ να πολιορκεί λυσσαλέα αλλά και αποτυχημένα τη Ρόδο. Οι Ιππότες προσπαθώντας να επουλώσουν τις πληγές του νησιού, άνοιγαν διαπραγματεύσεις για ειρήνη που έπεφταν στο κενό. Στο θρόνο της Τουρκίας ο σουλτάνος Βαγιαζίτ, διεκδικεί την κατάληψη της Ρόδου, στη συνέχεια Σουλτάνος είναι ο γιος του Βαγιαζίτ, Σελήμ Α’ με μια τουρκική δύναμη πιο ισχυρή από ποτέ. Με τη σειρά του και μετά από πολλές νίκες στη Μεσόγειο προσπαθεί να πολιορκήσει τη Ρόδο, μαθαίνοντας την άρνηση της δυτικής Ευρώπης να σταθεί και να βοηθήσει τους Ιωαννίτες Ιππότες, καθώς δεν ήθελε να επέλθει ρήξη στις σχέσεις της με την ισχυρή πλέον Τουρκία. Στα 1520 όμως πεθαίνει και σουλτάνος γίνεται ο Σουλεϊμάν ο Μεγαλοπρεπής. Ο γνωστός κατακτητής της Ρόδου.

Τον Ιούνιο του 1522 ο Σουλεϊμάν συγκεντρώνει περίπου 200.000 στρατό και στόλο που θα πρωτοφτάσει στη Ρόδο 280 πλοίων. Η δύναμη που θα υπερασπιζόταν τη Ρόδο ήταν 6500-7000 άνδρες , απ’ τους οποίους μόνο οι 290 ήταν ιππότες και οι υπόλοιποι μισθοφόροι. Η επίθεση των Τούρκων γίνεται τόσο από τη θάλασσα όσο και κατά των οχυρώσεων στη ξηρά. Οι θέσεις της Γαλλίας, της Ισπανίας και της Προβηγκίας πολιορκούνταν αενάως αλλά δίχως αποτέλεσμα, ο τουρκικός στρατός αρχίζει να χάνει το ηθικό του και τότε φτάνει στη Ρόδο να το αναπτερώσει ο Σουλεϊμάν με πρόσθετα πλοία και στρατό.
Οι Τούρκοι σκάβουν υπονόμους να μπουν στην πόλη, πολιορκούν τους προμαχώνες των «γλωσσών», βομβαρδίζουν συνεχώς την πόλη. Οι Ιωαννίτες Ιππότες και οι κάτοικοι σχεδόν πάντα εξουδετερώνουν τις επιθέσεις. Η Ρόδος ήταν απόρθητο φρούριο και ο Σουλεϊμάν χάνοντας καθημερινά χιλιάδες στρατό, σκέφτεται την οπισθοχώρηση. Τότε έρχεται η προδοσία του μεγάλου καγκελάριου Andrea d’ Amaral που ενημερώνει τους Τούρκους ότι οι Ιππότες έχουν έλλειψη τροφίμων, πολεμοφοδίων, έχουν εξασθενίσει και η αυτοθυσία των κατοίκων έφτανε στο τέλος της.

Μετά από την πεντάμηνη πολιορκία η κατάσταση όσο πάει και χειροτερεύει με τους Τούρκους να απευθύνονται στους Ρόδιους για παράδοση της πόλης και υποσχέσεις ειρήνης και σεβασμού προς αυτούς. Οι Ιππότες ούτε που του συζητούν αλλά ύστερα από πιέσεις των κατοίκων και την κατάληψη του προμαχώνα της Ισπανίας από τους Τούρκους, η ζωή των Ροδίων και η κατάληψη της πόλης ήταν άμεσος κίνδυνος, οπότε ο Μεγάλος Μάγιστρος στις 20 Δεκεμβρίου 1522 ζητάει ανακωχή. Έτσι δυο ημέρες αργότερα στις 22 Δεκεμβρίου 1522 αποδέχονται τους όρους παράδοσης της πόλης και με την επίσημη υπογραφή, μαζί με τους ιππότες έφυγαν από το νησί και 4.5000-5000 λαός. Έκτοτε το πολυπόθητο φρούριο της Ρόδου, έχοντας δώσει εκατοντάδες μάχες με θάρρος εναντίον του εχθρού, περνά στους Τούρκους. Ακολούθησαν βάναυσα χρόνια τουρκικής κατοχής για το νησί, η πολιτισμική ανέλιξη σταμάτησε, οι κάτοικοι έζησαν την εξαθλίωση, την πείνα, τη φτώχεια, τις λεηλασίες, την ασέβεια στη θρησκεία τους, το θάνατο, μέχρι το 1912 που η Ρόδος θα επιστρέψει και πάλι στον ευρωπαϊκό πολιτισμό μετά την κατάληψη του νησιού από τους Ιταλούς